課程資訊
課程名稱
進階生物晶片操作與資料分析
Advanced Biochip Technology and Data Analysis 
開課學期
107-2 
授課對象
生物資源暨農學院  生物科技研究所  
授課教師
蔡孟勳 
課號
Biot7027 
課程識別碼
642EM0280 
班次
 
學分
3.0 
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期四6,7,8(13:20~16:20) 
上課地點
 
備註
本課程以英語授課。上課地點:生技所 R415
限碩士班以上
總人數上限:10人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1072Biot7027_ 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

1.基本分子生物實驗的操作,包含細菌培養,DNA分離,電泳分析以及PCR.
2.基因晶片備製過程學習
3.細胞培養及RNA的提取
4.基因晶片的螢光標記和雜交反應
5.基因晶片的螢光掃描以及影像分析
6.建立基因晶片數據資料庫
7.利用高階軟體進行基因晶片結果之分析判讀以及推論實驗結果在生物上的意義 

課程目標
使學生對於基因晶片的備製,應用及結果之分析有實際操作和深切的認識,進而啟發學生在此一新興跨領域的學習與研究。 
課程要求
一、成績評量方式:
1.出席及課堂表現 10%
2.實驗報告 50 %
3.期末考 40%

二、預修課程:
生物晶片技術概論 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
 
指定閱讀
待補 
參考書目
教科書: DNA Microarrays :A Molecular Cloning Manual
David Bowtell and Joseph Sambrook
Cold Spring Harbor Laboratory Press 
評量方式
(僅供參考)
   
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
02/21  Overview 
第2週
02/28  [228連假] No class 
第3週
03/07  Generation of Targets for Spotted Microarrays: Inoculate, miniprep, and run DNA gel electrophoresis 
第4週
03/14  Generation of Targets for Spotted Microarrays: PCR intro, spectrophotometer intro 
第5週
03/21  Generation of Targets for Spotted Microarrays: Plate transfer, FX intro 
第6週
03/28  Printing Spotted Glass Microarrays: Printing design (OmniGrid intro) 
第7週
04/04  [溫書假] No class 
第8週
04/11  Printing Spotted Glass Microarrays: Post-processing 
第9週
04/18  [Midterm] No class 
第10週
04/25  Expression Analysis of RNA: Cell culture and RNA extraction 
第11週
05/02  Expression Analysis of RNA: RNA purification and quality check 
第12週
05/09  (Weekend)Expression Analysis of RNA: Probe labeling and array hybridization 
第13週
05/16  (Weekend)Expression Analysis of RNA: Probe labeling and array hybridization 
第14週
05/23  (Weekend)Microarray Bioinformatics: Scan image (Axon scanner intro) and Gal file preparation 
第15週
05/30  Microarray Bioinformatics: Web-based microarray data analysis intro 
第16週
06/06  Microarray Bioinformatics: Real-time RT PCR intro 
第17週
06/13  Microarray Bioinformatics: Illumina and Affymetrix system intro 
第18週
06/20  Final Exam